男子龟头炎的药物治疗通常包括局部使用红霉素软膏、硝酸咪康唑乳膏、盐酸特比萘芬乳膏和克霉唑乳膏等药物。红霉素软膏对细菌性浅表性龟头炎有明显治疗效果，而白色念珠菌性龟头炎时，局部涂抹硝酸咪康唑乳膏和盐酸特比萘芬乳膏可以明显改善症状。
此外，克霉唑乳膏也可以用于白色念珠菌性龟头炎的治疗。需要注意的是，混合病原微生物感染引起的龟头炎，应当使用抗细菌药和抗真菌药物联合治疗，从而龟头炎症状会得到彻底好转。