男性包皮过长手术在手术过程中会受到一定的疼痛，但通常不会很严重。在手术前，需要进行阴茎根部阻滞麻醉，以减轻疼痛。
包皮环切手术常规需要消毒、铺巾，术前需要备皮，手术时医生会在阴茎根部、阴茎背神经两侧做局部阻滞麻醉，然后再环绕阴茎根部做一圈环形麻醉，再在系带处做麻醉。此外，阴茎深部神经也会产生疼痛症状，所以还会做海绵体阻滞麻醉。双侧海绵体阻滞麻醉后病人痛感完全消失，切除多余的包皮内外板，保留包皮内外板约0.5-0.8cm，保留包皮系带1-1.5cm左右。
然后用可吸收长线间断缝合包皮内外板，术毕病人通常没有疼痛主诉，需弹力绷带加压包扎固定。