霉菌引起的龟头炎可以使用克霉唑乳膏外涂等方法治疗。清除病原体是治疗包皮龟头炎的关键，针对不同病原体导致的包皮龟头炎，选择的药物种类也不同。例如，如果是念珠菌这种真菌感染引起的包皮龟头炎，一般选用克霉唑乳膏涂抹患处，进行治疗。
如果是厌氧菌引起的包皮龟头炎，一般采用口服甲硝唑的方式来治疗。如果是葡萄球菌、链球菌等细菌引起的包皮龟头炎，一般选用倍他米松乳膏涂抹患处进行治疗，严重时可口服抗生素进行治疗。如果包皮过长(包茎)导致的包皮龟头炎反复发作，在炎症消退后，医生一般会建议进行包皮环切术。
切除多余的包皮，减少包皮垢的堆积，能在一定程度上预防包皮龟头炎。包皮龟头炎如果不及时治疗，可能会引起泌尿系统感染，比如尿道炎、膀胱炎、肾炎等。包皮龟头炎会造成包皮肿胀或变形，严重时包皮与龟头还会发生粘连，导致龟头无法露出，甚至会引起阳痿、早泄。