龟头炎是包皮龟头炎的一种，甲硝唑可用于治疗厌氧菌性龟头炎，而针对非厌氧菌性龟头炎，需要使用其他药物对因治疗。清除病原体是治疗包皮龟头炎的关键。念珠菌引起的包皮龟头炎，可以使用克霉唑乳膏涂抹患处进行治疗。
而厌氧菌引起的包皮龟头炎，一般采用口服甲硝唑的方式治疗。对于葡萄球菌、链球菌等细菌引起的包皮龟头炎，可以使用倍他米松乳膏涂抹患处进行治疗。在抗生素治疗期间，不要喝酒，以免引起不良反应。抗生素治疗需遵医嘱、按疗程用药，不能随便停药，否则容易造成病菌的耐药性。
包皮龟头炎若未及时治疗，可能引发泌尿系统感染，如尿道炎、膀胱炎、肾炎等。包皮和龟头之间生活着许多微生物，其中葡萄球菌、链球菌等病原体也可能引起包皮龟头炎。