慢性附睾炎的治疗通常包括抗生素治疗、中成药治疗和抗结核药物应用。对于结核性的附睾炎，抗结核药物的应用周期一般三个月左右，根据治疗当中药物反应的情况，肿块变软、变小的情况来调整治疗时间。
治疗过程中需要注意避免刺激性食物和饮料，避免饮酒，同时注意个人卫生和性生活卫生。此外，也可以进行附睾管扩张或手术等方法治疗。