急性附睾炎的治疗主要是使用抗生素进行抗感染治疗。在开始治疗时，常建议静脉注射头孢等抗生素来控制附睾的炎症。一般经5到7天的抗感染治疗后，附睾肿大、疼痛等症状可能得到很好地控制。
当附睾急性炎症得到控制后，患者可以改用口服的抗生素继续进行治疗。虽然急性附睾炎起病较快，但不易消除，所以患者口服抗生素的时间相对较长，一般建议口服抗生素至少两周以上。而附睾结节的消除时间则可能会更长，一般要在一个月以上。