性功能障碍可分为勃起功能障碍和射精功能障碍。附睾炎和勃起功能障碍之间没有直接的器质性疾病关系。一般的附睾炎不会直接引起阴茎的血流变化、阴茎的神经损害以及躯体的内分泌变化。
但附睾炎所引起的疼痛可引起部分患者的焦虑、紧张、腰腹部和腹股沟区剧烈疼痛，可造成患者的情绪改变和休息不好，以及对性功能的担心，从而造成心理性的勃起功能障碍。而附睾炎对射精功能障碍没有明显影响。一般情况下附睾炎不会造成严重的性功能障碍，但坏疽性附睾炎或急性细菌性附睾炎侵袭到睾丸，则会引起性功能障碍。