碘伏喷剂不能治疗龟头炎。碘伏作为消毒剂，只能消毒局部细菌或病原微生物，但对于龟头炎没有治疗作用，只能起到局部清洁作用。过浓的碘伏对龟头会产生一定损伤。在清洗龟头时需对碘伏进行稀释，可稀释一倍再进行使用。
龟头炎分细菌性与霉菌性，霉菌性龟头炎通常伴有瘙痒，而细菌性龟头炎可能伴有疼痛，部分会出现局部黏膜破溃，甚至出现渗出、溃疡等情况，此时更不建议使用碘伏对龟头炎进行治疗。龟头炎使用碘伏只是进行外阴清洗，同时需对碘伏进行稀释，在使用清水冲干净后涂抹药膏，治疗细菌的药膏有红霉素、百多邦即莫匹罗星软膏，以及治疗霉菌的金达克宁即酮康唑乳膏等。