脾虚或消化不良小儿可在医生指导下服用鸡内金散治疗，但若无脾虚或消化不良，则一般不宜服用鸡内金散，若盲目或长期使用鸡内金散可能对肠胃功能造成影响。
鸡内金散具有健脾开胃，消食化积之功，主治小儿脾胃不和所致的食积胀满，呕吐腹泻。鸡内金散不可久服，会对肠胃功能造成影响，使肠道蠕动迟缓，肠动力减弱，大便干结。
服鸡内金散后如取得理想的效果，可促使人体加强自身胃动力、提高胃肠消化功能、刺激胃液分泌、加速胃排空。如服药5-7天效果不佳，需再次就医，及时调整治疗方案。
除上述危害之外，鸡内金散过敏者小儿不宜使用，否则会引起过敏反应。