防风通圣丸因其具有解表通里、清热解毒的功效，被广泛应用于荨麻疹、痤疮、湿疹、皮炎、瘙痒症、疖肿、扁平疣、感冒、高热、便秘、肥胖、头痛、结膜炎、银屑病、哮喘、高脂血症、脂肪肝、肺炎、扁桃体炎、过敏性紫癜等疾病的治疗中，因其确切的疗效而备受青睐。防风通圣丸常与其他药物合用治疗各种内科和外科病证。
使用对症疗法时，通常不会出现明显的不良反应，但若用于不适宜的人群，则可能会产生一些不良反应。因此在治疗时必须掌握好适应证和禁忌证，才能收到满意效果。
对于身体虚弱、多汗的人而言，应用防风通圣丸可发挥发汗解表的功效，但使用该药物可能会导致身体虚弱、多汗加重的情况；针对脾胃虚弱引起的腹泻症状，防风通圣丸具有通便泻热的功效，但其使用可能会加重症状，如腹泻等；对于身体虚弱无力的人而言，防风通圣丸的主要作用是消除邪气，但容易损伤正气，从而加重身体虚弱和乏力的症状；使用防风通圣丸可能会对孕妇造成不良影响，导致胎儿流产。