肉苁蓉一般无较大的副作用，但长期服用可能会有上火、月经紊乱、消化不良或者腹泻等危害。
1、上火：尤其是阴火虚盛的病人，更容易上火，会使人产生一些不良反应，如精亏血少、小便黄赤、大便秘结等。
2、月经紊乱：妇女在来月经时应停用肉苁蓉。
3、消化不良或者腹泻：出现消化不良、腹泻的人不能吃，以免引起腹泻加重。
在用肉苁蓉泡水饮用的时候，一定要咨询医生，不要自行盲目使用，如果有副作用，一定要及时停止使用，避免对身体造成影响。平时应养成良好的生活习惯，早睡早起，饮食健康。