蜜蜂可以将蜂蜜储存于低温环境中，也可以将其置于干燥、避光、常温的环境中。在常温下蜂蜜是无色透明液体，有芳香气味，但是随着温度的升高，其颜色会逐渐变成浅黄色或白色。由于蜂蜜所含的酸性和高浓度糖类物质具有出色的抑菌效果，因此在室温、干燥、避光的环境下保存，可有效防止其腐败。
蜂蜜在贮存过程中易发生氧化反应，从而降低了它的营养价值，甚至使其失去原有的风味。若欲获得更佳的保鲜效果或缺乏适宜的储存环境，可将其置于冰箱内进行低温保存。蜂蜜在常温下不易融化，因此不能直接饮用，必须先冷冻再饮用，否则就会出现结块或有气泡现象，甚至发生凝固等问题。由于低温的影响，蜂蜜的结晶速度会被加速，但这并不会对其正常的食用产生任何不良影响。
在饮用前，应该先把蜂蜜放入容器内密封一段时间再进行饮用。在饮用蜂蜜水时，除了要注意保存外，也应避免使用沸水冲泡，因为这样会妨碍蜂蜜对其营养的全面吸收。