吴茱萸和山茱萸的区别主要在于来源、性味归经、作用以及治疗疾病等方面，因此，若需使用这两种中药治疗疾病，应在专业医生的指导下进行，切勿盲目使用，以免误服出现其他危害。
吴茱萸味辛涩，归肝脾经；山茱萸味酸涩，性微温，归肝经，有降逆止呕、助阳止泻、散寒止痛之功效，山茱萸有养肝肾、收敛之功效。
吴茱萸对于胃寒呕吐、寒凝疼痛、虚寒泄泻等症有很好的疗效。对于遗精、滑精、尿频、月经量过多等症状有很好的治疗效果，同时还能在医生的指导下口服山茱萸。