小花鸢尾根具有清热解毒的功效，可用于治疗热毒病、痈疽疮肿等疾病，具有显著的清热解毒作用。
小花鸢尾根具有一定的消肿止痛功效，可用于治疗因骨折、关节扭伤等原因引起的疼痛和肿胀。
小花鸢尾根具有调节神经系统的能力，可用于治疗失眠、癫痫等疾病，以达到镇静止痉的效果。
小花鸢尾根具有利尿消肿的功效，可刺激尿液的顺畅排出，有助于消除体内多余的水分，是治疗水肿等疾病的理想选择。
小花鸢尾根具有一定的降压功效，可用于治疗高血压等疾病，从而有效降低血压水平。在我国民间常用其根来做药膳或汤料，有降压和降脂之功效。