吴茱萸和山茱萸是两种截然不同的药物，前者具有偏温、偏燥烈的特性，味道苦涩，甚至比黄连还要苦涩。吴茱萸是一种祛寒药物，有时也被用于治疗高血压。
作为茱萸的果实，山茱萸在金匮肾气丸和六味地黄丸中被广泛应用，以滋养肾脏、肝脏、肾阴和肝阴为主要功效。在临床上有许多人认为山萸肉就是山茱萸，其实这两种药材不一样。吴茱萸与泻药不同，前者具有祛寒的功效，而后者则是一种补药。在《神农本草经》里就把它列为上品，认为有温中益气之功。