砂仁被广泛应用于治疗湿浊中阻、脾胃气滞所致的疾病，其功效包括化湿开胃、温脾止泻和理气安胎，尤其适用于寒湿气滞，同时也可与药物联合使用，例如厚朴、陈皮和枳实；或者和生姜一起服用，效果就更明显了。搭配具有健脾益气功效的药物，如党参、白术、茯苓等，均可获得显著的疗效。
在中医里，砂仁属于一种常用药材，具有健胃消食、燥湿化痰等多种功能，能够起到帮助消化以及促进胃肠蠕动的作用，对于消化不良和食滞引起的腹泻症状有非常好的改善作用。此外，砂仁还具备温中暖胃的才能，可达到止呕、止泻的效果，其主要目的在于温脾，对于脾胃虚寒、呕吐泄泻等症状具有显著的治疗效果，建议与干姜、附子等药物联合使用。
同时，在临床上对于一些脾虚气弱、消化不良等症状的患者来说，能够起到较好的辅助疗效。对于患有妊娠呕吐的患者，除了止吐或胎动不安导致的呕吐效果显著外，还可以起到安胎的作用，但需要注意的是，对于阴虚血燥或内毒较盛的患者，使用时需要谨慎。