目前在临床实践中，使用的针灸针普遍采用一次性不锈钢针，实现了一人一穴一针，避免了重复使用的情况。
以前使用的针灸针包括金针、银针等材质，通常都需要反复使用，因此需要进行消毒处理。由于针具本身具有一定的刺激性和腐蚀性，所以要对针具进行多次的清洗才能满足无菌要求。早期常用的消毒方法包括火烧和沸水等，但也无法达到杀毒消菌100%。
现在主要采用化学消毒剂，比如氯霉素、新洁尔灭、戊二醛等，但这些药物都不能完全杀死细菌。在消毒方面，酒精消毒和将针灸针放入75%的酒精中，侵泡时间约为半小时，这种方法的灭菌效果并不尽如人意。
后来采用了消毒液对针灸针进行浸泡处理，通过浸泡后再进行高温消毒，可以使其在短时间内能彻底杀死细菌病毒和其他微生物。此外，采用高压蒸汽消毒技术，将针灸针置于高压锅内进行加热，随着蒸汽压力的升高，高压锅内的温度不断攀升，直至达到134摄氏度时，针灸针的灭菌时间约为4分钟左右，这种方法的灭菌效果显著。