柴胡桂枝汤具有调和少阳，调和营卫的作用。对于半表半里的病，和身体的表症，在临床上都有一定的疗效。
在临床上，使用柴胡桂枝汤的时候，更多的是用于治疗与之相关联的病症，例如：外感风寒导致的发热，自汗、轻微的怕冷，还有寒热往来，忽然冷、忽然热，毫无规律。有些病人会出现干呕，有些病人会出现胃肠道不适，有些病人会出现头痛、颈部强直，有些病人会出现胸胁胀满等，也可以使用本品。
柴胡桂枝汤在调整情志的同时，也可以缓解精神压力，从而达到治病的目的。