砂仁辛、温，归属于脾、胃、肾经，具有化湿开胃、温脾止泻、理气安胎等功效，可用于治疗脾胃气滞、湿邪阻滞中焦。
本品性质温热，具有散能通的特性，能够有效化湿行气温中，具有醒脾和胃的作用，对于脾胃湿阻以及气滞所导致的脾胃不和、腹胀等症状，均可选用。特别适用于因寒湿气滞而引起的各种症状，建议搭配厚朴、陈皮、枳实等药材。
如阳虚引起的胃痛、胃脘痛、四肢厥冷等症。若脾虚气滞，砂仁得以与木香、党参、茯苓相互搭配，以达到最佳的治疗效果。若脾肾两虚夹瘀，可配伍赤芍、川芎、当归。若脾胃气虚夹湿，则可能出现乏力、食欲不振、消化不良、腹胀或呕吐腹泻等症状，此时可考虑将砂仁与人参、茯苓相互搭配。
另外还可配伍炒白术、苍术、薏苡仁等药，以健脾渗湿为主。砂仁被视为一种具有行气安胎功效的药材，常被用于缓解因肝气郁结而导致的早孕呕吐症状。在临床上一般用于治疗月经不调及胎动不安。