南瓜子甘平，归属于胃、大肠经，具有杀灭害虫的功效。主治食积不化，虫牙肿痛等症。该品具有杀虫功效，但不会对脾胃造成任何损伤，主要用于治疗绦虫病。该品为单味生用，可捣烂后加入水、冰糖或蜂蜜，并在空腹时食用或与石榴根皮搭配。如虫体较大可煎水冲服。
针对蛔虫病的治疗，南瓜子可进行去壳捣碎，随后加入蜜糖或糖进行搅拌，直至形成糊状。内服可用于小儿惊风、口疮等症。尽管本品有消除血吸虫的功效，但其长期高剂量使用仍需谨慎。治疗钩虫病可用鲜品南瓜子捣汁冲服。南瓜子具有消除丝虫病的功效，常与槟榔搭配使用，以槟榔为原料熬制而成的水可作为南瓜子的营养补给。对肝吸虫和绦虫也有较好疗效。