金匮肾气丸一般一个月为一疗程，但临床上的大部分病人都要吃上2-3个月，甚至半年才能取得比较好的治疗效果。
金匮肾气丸所治肾阳虚可引起肢体浮肿，腰膝软痛、畏寒肢冷、尿少，上述病症得到改善和康复，需要比较长的时间，一般2-3个疗程才能有比较满意的效果。
可断服，服2周停服2周，避免药物性肝肾功能损害。、长期使用还可引起不良反应，若体质较弱，耐受性较差者，还可发生乌头碱中毒，故不宜长期使用。
金匮肾气丸有温肾补阳之功效，主治肾阳不足所致阳痿早泄、水肿、腰膝酸痛，尿少。临床多见前列腺增生症，前列腺炎及甲状腺功能低下，只要辨证属肾阳不足者，均可酌情使用。