白茯苓和赤茯苓一般有入药部位不同、归经不同、功效不同等区别，而两者都需要遵从医嘱才能用药。
1、入药部位不同：白茯苓为白茯苓，其入药部位为白茯苓。在茯苓皮层下面有红色的部分称为“红茯苓”。
2、归经不同：白茯苓入心、脾、肺、肾，属于心经、脾经及膀胱经的范畴。
3、功效不同：白茯苓是一种以补为主的药物，具有健脾除湿的作用。赤茯苓具有清利湿热的作用。
除上述差异之外，还存在着应用对象的差异等。但也要避免盲目用药，避免出现不良反应。