转基因大豆可能会增加食品中的激素含量、增加哮喘、过敏等呼吸道疾病的发病率、导致身体毒性反应。
1、增加食品中的激素含量：大豆中富含一种具有调节内分泌、预防心血管疾病、乳腺癌等功能的天然植物雌激素，又称“植物雌激素”。但是，转基因豆类所含的植物性雌激素比普通豆类要高得多，吃太多会影响体内荷尔蒙的平衡，引起月经紊乱、乳房疼痛等副作用。
2、增加哮喘：据一份报告显示，经基因改造的豆类制品，由于其蛋白质结构的变化，使其更易于被人体的免疫系统所辨识，因此会引发过敏性反应，进而引发呼吸系统疾病。
3、过敏：转基因大豆含有大量的杀虫剂残留物及重金属，会引起机体的毒副作用。转基因大豆是一种经常使用杀虫剂的作物，食用过量会导致作物体内杀虫剂的残留。