早上起床舌苔发黑可能是胃肠功能紊乱、感染等原因导致的，需要明确具体原因后再进行治疗。
1.胃肠功能紊乱：消化道功能障碍是指由于生理、心理、社会和疾病等因素所造成的一种消化道异常状态，临床上主要以反酸、嗳气、恶心、呕吐等为主要临床症状。除此之外，如果出现胃肠功能障碍，也有可能导致细菌在舌苔上滋生，导致舌苔变黑。
2.感染：比如肺炎、腹膜炎、胆囊炎等，就会导致机体的免疫系统处于应激状态，同时细菌和病毒也会在舌苔上大量繁殖，从而导致舌苔发黑。