余甘子的副作用是可能会引起腹痛、腹泻等。
余甘子具有清热凉血、消食健胃、生津止咳的功效，常被运用于治疗血液循环不畅、消化不良等症状。余甘子属于凉性，一般人都可以安全食用。对于那些脾胃虚寒、消化功能欠佳的人来说，服用本品可能会引起腹痛、腹泻等不适症状，因此建议避免使用。
对于一些肠胃不好或者是长期便秘的人来说，可以将余甘子与大蒜搭配使用。在服用余甘子期间，建议孕妇避免与过于辛辣或过于寒凉的食物搭配食用，因为这可能会导致恶心呕吐等不适症状，同时还需注意清淡饮食，避免食用过于油腻的食物，以免引发流产。