沉香的副作用可能有胃肠不适、肝肾功能损害等。过敏、阴虚、气虚等人群应避免使用沉香。
沉香主要是由于对胃粘膜造成的腹泻、腹痛、恶心等胃寒呕吐等由寒凝气滞所致的临床表现，可以通过服用沉香来达到行气止痛、温中止呕、纳气平喘等效果，可以在医生指导下合理用药。
沉香中含有大量的微量元素、白木香酸、苄基丙酮、沉香螺旋醇等物质，在沉香中经常食用，也会对肝脏和肾脏造成损伤。
沉香属温，容易伤阴，行气容易消耗，阴虚、气虚、火气大的人吃了以后，会加剧身体的不适，这是由于消耗了太多的阴液而造成的。对木瓜有过敏反应的人最好不要服用木瓜，以免出现全身瘙痒、红疹等情况。