一般来说，中药灌肠以肛门部位为主。
中药灌肠属常用治疗手段，能够对肠道疾病进行治疗。中药灌肠经肠道部分操作，将药物经肛门部分注入，使药物滞留于直肠或结肠，充分发挥药物作用，促进人体药物吸收可治疗肠炎便秘阴道炎。但需要注意的是，切忌长期手术，有可能对肠道内的区域产生明显的刺激作用，易引起肠道内免疫功能降低，从而损伤肠道黏膜，发生肠道疾病。
中药灌肠前必须先大便，灌肠后至少1小时内尽量不大便，易造成药物排出而影响疗效。有些病人灌肠后可出现腹痛，腹泻及其他不良反应，应注意时刻观察机体变化和肛门局部卫生。