黄连上清丸推荐餐后使用，因饭前使用黄连上清丸会对胃部产生一定的刺激作用，并可能对胃部产生一定的伤害，餐后使用可避免胃部受到刺激，还有助于药物吸收，本品具有清热解毒散风止痛之功效，可迅速清除体内火气。
黄连上清丸主要由黄连、薄荷、川芎组成。黄连具有泻火解毒、清热燥湿之功，可治疗时行热毒、高热烦燥、痈疽疔毒；连翘具有广谱抗菌作用和较强的抑制金黄色葡萄球菌和贺氏杆菌的能力；白芷可以祛风解表、散寒止痛、消肿排脓。
川芎可以活血行气、祛风止痛。黄连上清丸有清热通便、散风止痛之功，主治上焦内热之症，证见头重脚轻、牙龈肿痛、口舌生疮、咽红咽肿、便干尿黄。可用来治疗急性结膜炎、急性化脓性中耳炎、急性牙周炎、急性咽炎。
该药药性偏寒，脾胃虚寒的患者忌服，用药3天症状无好转，应及时到医院诊治。心脏病、肝病、糖尿病和肾病等慢性病严重，应在医师指导下使用本品。对该药品过敏的人群禁用，过敏体质的人群慎用。