舌头根扁桃体长了小疙瘩可能是由于扁桃体发炎、尖锐湿疣或息肉等疾病引起。针对具体病因，患者应当根据医生辨识确诊并进行对症治疗。
1.扁桃体发炎：扁桃体发炎通常是由病原体感染或免疫系统抵抗力下降引起的非特异性扁桃体炎症。常见症状包括舌根部出现疙瘩、咽痛和鼻炎等。患者可在医生的指导下使用复方金银花颗粒、阿莫西林胶囊、罗红霉素片等药物进行治疗。
2.尖锐湿疣：尖锐湿疣是一种性传播疾病，通常由人乳头瘤病毒感染引起。当与患有尖锐湿疣的人共用餐具时，舌根部有可能感染人乳头瘤病毒并出现上述症状。患者可在医生的指导下使用咪喹莫特乳膏、重组人干扰素α2b注射液等药物进行治疗。
3.息肉：息肉一般是指黏膜上的良性赘生肿物，舌根部常见形态为圆圆的、扁扁的疙瘩。常分为增生性舌息肉和炎症性舌息肉。患者可在医生的指导下使用维生素B2片、葡萄糖酸锌口服溶液等药物。
请注意，在使用任何药物之前，最好咨询专业医生或医师的建议，以获得更准确和个性化的治疗方案，日常注意饮食清淡，避免食用辛辣、刺激的食物。