食用胶原蛋白副作用一般会出现过敏反应，造成肥胖，使皮肤失去弹性，尿酸含量增高等症状，注意事项：孕妇不宜食用。
胶原蛋白作为一种生物性高分子，在哺乳动物中含量最高，分布最广泛，属于功能性蛋白。本身对人体一般不会有副作用，但长期大剂量使用就有可能使人体热量过剩、体重增加很多，从而造成人体肥胖。
如果机体免疫系统功能不正常，易造成过敏性反应，使皮肤产生大量的红色斑丘疹，皮疹并伴瘙痒等不适症状，严重时可诱发过敏性休克。不适当地使用胶原蛋白可刺激敏感性更高的表皮细胞而导致皮肤在许多地方丧失弹性。
胶原蛋白通常来自鱼类，禽类或者蛋制品，是一种酸性食物，使用量大可能造成血中尿酸增加，进而乳酸增加而影响身体本身的健康。
孕妇不宜使用胶原蛋白，是因为肚子里的胎儿并不能吸收胶原蛋白中所含的一些氨基酸，如果在妊娠期使用胶原蛋白，将影响胎儿正常生长发育。