尽管间接喉镜检查的正确率通常较高，但其准确性可能会受到外部因素的影响而出现偏差。此外，对于咽喉反射较为敏感的患者，喉镜操作的完成难度相对较高，即使完成检查，也可能出现检查不完整的情况。此外，如果患者的舌体较为肥厚，在检查过程中也可能会出现一些无法观察到的情况。
在进行间接喉镜检查时，应从喉部的各个位置开始，依次进行后、前、左、右、上、下的检查，以确保不会遗漏任何细节。一般在喉黏膜下层和声门处做粘膜活检或气管镜检查时可以发现病变。在进行检查时，需留意是否存在充血、肿胀等相关症状。在声门区或咽部发现黏膜水肿时应该立即停止操作。
对于患有舌系带过短、会厌过长或呈婴儿型的患者，传统的检查方法存在一定的困难。对于那些无法通过间接喉镜检查明确诊断的患者，直接进行喉镜检查是必要的。