目前，微创碎石对肾脏的危害已大为降低，而这种治疗方式通常分为两类，具体而言，有以下几种:
随着技术的不断发展，输尿管管壁可能会受到损伤，但现在可以通过在输尿管套上一层保护鞘的方式，有效减少对其的损伤。此外，由于全程使用软镜或在视野极佳的情况下进行操作，对肾脏的影响相对较小；
针对肾内大的结石，经皮肾镜手术是一种常见的肾脏损伤方式，因为它需要通过经皮穿过肾脏，从而导致肾脏直接穿孔，部分患者还可能出现出血的情况。然而尽管进行了经皮肾镜检查，但其对整体肾脏功能的影响并不显著，因此许多接受手术的患者在术后复查时并未观察到任何明显的肾功能变化。