包皮手术后三个月仍然感到疼痛可能是由炎症引起的，但也不能排除其他因素的可能性。
包皮手术常用于治疗包茎，手术后需要一段时间才能完全恢复。如果在手术后三个月仍然感到疼痛，可能是因为局部出现了炎症感染。这种情况下，建议及时就医进行检查，根据检查结果，在医生的指导下使用头孢克肟缓释片、头孢克洛胶囊、青霉素等药物来改善疼痛症状。
除了炎症感染，还有其他可能的原因，如前列腺炎等。如果疼痛持续存在，建议尽早到医院进行相关检查，以确定具体原因，并进行有针对性的治疗。
在包皮手术后恢复期间，注意个人卫生的保持非常重要。保持局部清洁干燥，避免过度摩擦和刺激，穿着宽松透气的内裤，可以有助于减轻不适感。