双侧上颌窦黏膜下囊肿常用的治疗方法有一般治疗，药物治疗和手术治疗，并结合日常生活习惯进行调整。
1、一般治疗：如果双侧上颌窦黏膜下囊肿表现轻微，身体无明显不适表现，通常可以不作特殊处理，日常生活中需经常观察囊肿进展情况，并注意避开冷空气刺激就可以了。
2、药物治疗：如果有些病人有慢性鼻窦炎和慢性鼻炎的原发疾病，可以采取针对性的治疗方法，比如在医生的指导下抗感染的治疗方法，常用的药物包括头孢克肟胶囊和阿莫西林。
3、手术治疗：上颌窦黏膜囊肿大而压迫周围组织或造成反复感染时需手术治疗以改善症状。常用术式是上颌窦穿刺吸出囊液。
另外也可采用物理治疗的方法加以改进。建议病人日常生活中注意保暖、避免冷空气刺激、有吸烟饮酒的人最好戒烟限酒、加强体育锻炼、增强免疫力、有不适及时就医。