扁桃体结石会造成扁桃体的腺管或隐窝堵塞，引流不畅，导致细菌滋生，或者是食物残渣在这些地方进行发酵，最后会产生一种难闻的味道。
扁桃体中有病理性的钙、镁等无机盐结石属于扁桃体结石。这种疾病主要表现为食物残渣、细菌、死细胞、黏液等物质在扁桃体隐窝等凹陷部位沉淀，并逐渐钙化。有些病人会有张口困难、吞咽困难、咽痛、咽异物感、耳闷痛、反复咳嗽等症状，通常不会有明显的临床表现，也不需要进行治疗。
日常生活中要保持口腔清洁，吃完饭要用淡盐水漱口，还要多做户外运动，增强身体素质，避免感冒引起上呼吸道感染，引起扁桃体反复发炎，也可以用漱口的方式把一些小的结石清除掉。如果有反复发作的情况，可以考虑做扁桃体摘除手术，这是最彻底的办法。