喉咙囊肿有先天性与后天性之分，先天性的病因是胚胎时期咽喉部的不正常发育，而后天的病因则以慢性炎症刺激、机械刺激及创伤等为主，需对症进行治疗。
1、先天性的病因：喉咙囊肿，主要出现在喉部，咽部很少出现。先天性咽喉囊肿多在婴幼儿期发生，多由于胚胎时期咽喉部发育不正常所致。新生儿或者婴儿先天性囊肿会有喉阻塞症状。先天性囊肿通常不需治疗，但要经常复查，如有不适感，需经手术摘除。
2、后天的病因：后天性喉咙囊肿很小，一般没有什么明显的症状。体积大的可导致呼吸困难。咽喉囊肿最多见的表现是咽喉部异物感、声音嘶哑、发音不清，多伴有咳嗽。
该病多发生于成年人，患咽喉部炎症、常吹乐器的人和咽喉部相关外伤的人，都可形成喉咙囊肿，如果时间长了，很可能是继发化脓性感染。一般10~15mm内囊肿一般可以不处理。大的可用局麻间接喉镜和电子喉镜囊肿切除术。