甲状舌管囊肿可能不严重，也可能较为严重。
甲状舌管囊肿是一种比较普遍的颈部囊性病变，是在胎儿早期甲状腺发育的时候，甲状舌管退化不全并没有消失，而是在脖子上留下了一种先天性囊肿。此种囊肿可以出现在从颈部前部到颈部腹壁的任意位置，主要分布在舌骨上部和下部，多数分布在颈中线，偶尔也会向一边倾斜，其内部是透明的、黏液状的囊状物。
如果出现继发性的感染，可能是化脓，也可能是黏液脓。一旦囊肿后期出现了感染，就会出现内瘘、内窦，对病人的身体造成很大的威胁。因为甲状舌管囊肿常伴有感染，容易形成瘘口，而且甲状舌管瘘口可能会持续数年。