乳酸菌是一种在肠道中存在的益生菌，可以将食物中的蛋白质、脂肪等物质进行分解，从而促进消化吸收，同时还能抑制肠道中的有害菌的生长，所以饮用乳酸菌对预防腹泻、便秘等有很好的效果。然而，如果长时间饮用乳酸菌，会影响到肠道的其益生菌的生长，从而影响到肠道的微生态平衡，从而造成肠道功能的失调。
此外，乳酸菌一般都是做成饮料的，长时间大量饮用还会引起人体肥胖。
肠道微生态失调，长时间饮用乳酸菌饮料，会使肠道中的乳酸菌增多，同时又会抑制其有益菌如酵母菌、双歧杆菌的生长，造成肠道微生态失调，进而影响肠功能，引起腹胀、腹痛等症状。
增肥，在将乳酸菌制成饮料的过程中，加入了新鲜的牛奶和糖水，最终的产品中含有较高的糖分和蛋白质，如果长时间的摄入，体内的能量积累过多，就会造成身体的过量营养，从而引起身体的增肥。