酶素果冻的副作用主要表现为长期服用会对人体的消化能力产生一定的影响，从而引起人体的代谢异常，甚至会引起人体的营养不良，因此不宜服用，因为酶素果冻是一种常见的食品，对于便秘的人来说，可以服用，可以帮助肠胃的消化和吸收，但是吃多了会对人体造成一定的损伤。
1、消化功能：酶果冻中包含了总多酚、总黄酮、番泻叶等多种物质，吃了番泻叶会引起腹泻，肠胃功能差的人吃了会加重腹痛、腹泻等症状，吃久了还会引起肠胃过敏，对消化功能产生一定的影响。
2、引起机体代谢障碍：长时间吃酶类的水果，会引起肠道内微生物的失衡，使肠道对食物的吸收能力降低，从而引起机体代谢障碍，从而对身体其它组织的机能产生不利的作用。
3、营养不良：若长时间不进食，以酶类取代，人体内葡萄糖不足，无法让人体各脏器的运作和吸收，会造成营养不良，严重时还会出现贫血等情况。