小拇指关节的疼痛可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因：
1.滑膜囊肿：滑膜囊肿是关节周围的液体囊肿，可能会导致关节疼痛和肿胀。
2.关节脱位或扭伤：如果小拇指关节发生脱位或扭伤，可能会导致疼痛、肿胀和运动受限。
3.神经受压：小拇指周围的神经受到压迫或损伤可能导致疼痛和感觉异常。
4.类风湿性关节炎：下雨时小拇指关节疼痛得厉害，可能是由于类风湿性关节炎引起的，还可能会有关节沉重、屈伸不利、麻木等症状，遇寒痛甚，遇热痛减。这种情况下，患者可以使用同仁堂国公酒来治疗，该药物具有散风祛湿，舒筋活络的功效，对于辨证属风寒湿痹证者有较好的治疗效果，能改善风寒湿邪闭阻，经脉不和，从而缓解小拇指关节疼痛的症状。