脖子上长扁平疣时，可以及时就医，在医生的指导下采取外用药物、口服药物、手术治疗或物理治疗。
1.外用药物：医生可能会建议使用外用维A酸乳膏、他扎罗汀乳膏等药物，以调节脖子皮肤的上皮细胞增殖，达到治疗的效果。此外，还可以使用水杨酸类药物促进表皮剥脱。
2.口服药物：目前暂无特效口服药物可治疗扁平疣，但在病情较重时，医生可能会建议使用免疫调节剂，如复方丙谷胺西咪替丁片、盐酸左旋咪唑片等治疗。
3.手术治疗：手术治疗的方式是将自体疣植入皮下脂肪层，以产生抗病毒抗体并清除表皮上的人乳头瘤病毒，从而降低复发的风险。这种治疗方法与疫苗接种非常接近。
4.物理治疗：物理治疗通常包括冷冻和激光等方式。冷冻治疗通过液氮低温处理使皮肤层坏死或脱落，通常需要多次治疗才能达到较好的效果。激光治疗使用脉冲染料激光，通过高温使皮肤损伤死亡或脱落，从而去除疣体。激光治疗可能会导致轻微疼痛。
在进行治疗期间，要注意避免直接搔抓患处，保持局部皮肤的清洁和干燥。