使用碘酊治疗皮肤疣时，最好采取点涂。
碘酊可以氧化病原体胞浆蛋白的活性基因，还可以与蛋白质结合，使其变性沉淀，对病毒、细菌、真菌等有一定的杀灭效果，在皮肤感染和消毒方面也有一定的应用。由于碘酒具有这些特点，近几年来，许多实验证明碘酒可以应用于皮肤疣，如传染性软疣，寻常疣，尖锐湿疣等。
不过，因为碘酊有很强的刺激性，而且点涂到正常的皮肤上后会变成棕色，会影响到外观，所以，在应用碘酊的时候，可以采取点涂的办法，即用清洁的棉签、牙签等沾上少许的碘酊，再在患处进行局部的点涂，而不是直接涂到正常的皮肤和粘膜上。若沾上的是健康的肌肤，可以用棉签沾取，也可以用生理盐水冲洗。也可以用碘酊在疣体根部注射。
另外，在临床上不能同时服用碘酊和红药水，因为碘化汞会腐蚀皮肤，一旦进入体内，就会引起一系列的中毒反应。