由于局部外伤或者是受到了刺激，导致了生殖器疱疹、包皮龟头炎、过敏等疾病，导致了阴茎根会长有小水疱。最好是去正规的医院皮肤科进行详细的检查，以确定自己的病因，然后进行针对性的治疗。
1、张力性水泡：如果是因为阴茎的挫伤、挤压，或者是因为受到了太多的刺激，就会在皮肤下发生急性渗出，这些都是单个的张力性水泡还会伴随着疼痛症状；
2、生殖疱疹：生殖疱疹病毒侵染生殖器官和肛门周围的皮肤，通过性行为传染，会在阴茎根部出现小水疱，并伴随着疼痛，随时间流逝，水泡会破裂，产生糜烂或溃烂；
3、包皮龟头炎：因包皮过长、包茎、病原体感染、局部不注意卫生等原因，引起阴茎头或包皮发炎，使表皮上起斑块状丘疹、水肿、水泡，并伴有局部疼痛或瘙痒；
4、过敏：如果病人对内裤的材料过敏，经常与阴茎接触，就会导致阴茎皮肤出现红疹、水泡等过敏反应，同时还会伴有瘙痒。