眼睑上出现扁平疣一般是因为直接或者间接接触了人乳头瘤病毒导致的感染所致。明确诊断后，可以在医生的指导下选择使用、外用、物理治疗等药物进行治疗。
1、原因：扁平疣的原因很清楚，它是由人乳头瘤病毒所导致的一种传染性皮肤病。人乳头瘤病毒的传播途径主要有两种，一是直接，二是间接。例如，如果皮肤有较小的糜烂面或创口，与人乳头瘤病毒感染的病人长期接触，病毒就会侵入人体，在皮肤的表面，例如眼皮上，就会形成一种称为扁平疣的赘生物。通过与受人乳头瘤病毒感染的病人的衣物、毛巾等直接接触，也可以通过间接接触传播。
2、治疗方法：眼睑处的肌肤较为娇嫩，在治疗的时候一定要谨慎。疣体较大时，可以在医生的指导下用药，如咪喹莫特乳膏、维A酸乳膏、重组人干扰素α2b凝胶等。假如疣体比较大或者是逐渐增多，可以用二氧化碳点阵激光、电离子、冷冻或者是手术切除。做完手术后要做好局部护理，防止出现感染。
不过因为眼皮的位置比较特殊，所以最好是去正规的医院，不要用偏方，也不要自己去做，否则可能会影响疣体的恢复，还可能会留下瘢痕。