六味地黄丸和金匮肾气丸的区别是很明显的，都是治疗肾虚，但是六味地黄丸是治疗肾阴虚，金匮肾气丸是治疗肾阳虚。具体来说六味地黄丸的主要治疗肾阴亏所引起的头晕、耳鸣、小便淋漓不尽。金匮肾气丸主要治疗肾阳虚，多见于怕冷、怕风、痰多湿重、阳痿、早泄、水肿、这些都是金匮肾气丸的主证。