手足口疫苗最佳的注射时期建议在冬季末应用。南北方是有差异的。手足口疫苗一个疗程共注射两次，两次间隔一个月，需要在二、三月份注射；南方一、二月份注射，这样在春季末，温度升高季节已经注射完毕。因为婴幼儿感染，手足口重症发生率高，所以婴幼儿12个月以前完成接种。六个月到五岁的婴幼儿及儿童都应该注射。