水蜜丸与大蜜丸最大的区别就是粘合剂，水蜜丸是通过加水炼制的蜂蜜进行药粉黏合，节约了蜂蜜的成本，也更易于贮存。我国南方地区由于气候特点，生产水蜜丸比大蜜丸更多。从药效上水蜜丸和大蜜丸基本是一致的，水蜜丸相比于大蜜丸容易服用，也更容易保存。但药性往往没有大蜜丸柔润。此外，由于水蜜丸中蜂蜜的含量较少，对血糖控制有要求的人可以酌情选用。