肛瘘的主要表现是肛门周围的外瘘口会有少量脓性分泌物排出。刺激周围的皮肤，引起瘙痒等不适。当外口堵塞或假性愈合时，瘘管内脓液不能排出而形成脓肿，表现出直肠肛管周同脓肿的症状，这种引流不畅形成的脓肿往往反复发作，是肛瘘临床表现中的主要症状。