药物治疗和手术治疗相结合。肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。药物治疗：外治：用消肿止痛洗剂坐浴。使用抗生素：急性发作期可以使用抗生素，但一般不要超过一周。手术治疗：手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。