肛瘘的治疗还是以手术为主，药物几乎无治疗作用。如果是单纯低位肛瘘，采用直接切开的方法;如果是高位或复杂性瘘管，大部分采用挂线疗法，比较安全可靠。如果肛瘘外口有炎症，饮食清淡，注意肛门清洁卫生，应用消炎药物，定期肛肠科复查是否引起肛瘘，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。